Die alte Bockwindmühle wurde um 1820 auf dem Klingenberg erbaut und 1926 auf den heutigen Standort Marienrode versetzt. Bis zum 2. Weltkrieg war die Mühle in Betrieb.

1959 war das Gründungsjahr des Vereins zur Erhaltung der Windmühle Marienrode e.V.. Die Mühle wurde im selben Jahr zu einem Jugendwanderheim ausgebaut und renoviert.

Mittlerweile dient die Mühle aber nicht mehr als Übernachtungsstätte, sondern beherbergt einen Gruppenraum. 1963 wurde ein Nebengebäude mit zwei Schlafräumen, Sanitärräumen und Küche errichtet.

Im Jahr 1981 löste sich der Verein auf und so ging das Jugendwanderheim in die Trägerschaft des damaligen Kreises Hildesheim-Marienburg über. 1990 wurde das alte Nebengebäude abgerissen und durch einen Neubau ersetzt, welcher im Frühjahr 1991 eingeweiht werden konnte. 2008 ging das Jugendwanderheim „Windmühle Marienrode“ dann in die Trägerschaft der Betriebsgesellschaft Jugendeinrichtungen gemeinnützige GmbH über.